Thunderbird, per sicurezza, è "bloccato" da un file ("parent.lock") quando è in esecuzione.
Per capire il problema, immagina di aprire un'immagine con Paint e di iniziare a modificarla profondamente.
Poi immagina che, senza chiudere il file, apri la stessa immagine con Paint e fai delle modifiche che non ti soddisfano pienamente quanto le prime, nell'altra istanza.
Quando vai a chiudere la seconda istanza di Paint (immagine modificata insoddisfacente), però, ti confondi e chiudi in realtà la finestra della prima immagine, ovviamente senza salvare.
Poi ti rechi sull'istanza di Paint e ti rendi conto dell'errore: hai chiuso l'immagine con le modifiche soddisfacenti, non ti resta che chiudere quest'altra istanza di Paint, senza salvarla, e purtroppo ricominciare daccapo.
Ecco, onde evitare modifiche indesiderate su istanze doppie, Thunderbird all'avvio crea un file che blocca un ulteriore sessione del programma (infatti ti dice di essere già in esecuzione se fai doppio clic daccapo sulla sua icona).
Sarebbe quindi meglio non far toccare niente da programmi terzi, ma se finora ti ha funzionato bene lascia stare questa mia considerazione.