Ho rifatto meglio la ricerca e ho trovato qualcosa di simile, ma non proprio uguale al mio caso.
Ho trovato infatti alcune discussioni di utenti che non riuscivano assolutamente a cancellare i messaggi. Mentre, nel mio caso, il problema è saltuario (anche se avviene spesso) e più che altro è un problema di lentezza: è vero che qualche volta Thunderbird mi è andato in crash, ma di solito riesco a cancellare i messaggi, seppure, abbastanza spesso, con un'attesa di qualche decina di secondi, durante i quali Windows mi dice che Thunderbird non risponde.
Il problema è iniziato dopo che sono passato da Windows 7 a Windows 10.
Quindi non so se le soluzioni suggerite nelle altre discussioni (creazione di un nuovo profilo o di un nuovo cestino) facciano al caso mio.