Prima cosa, se l'account IMAP sullo smartphone lo usi con un Client di posta e non via web, verifica se trovi anche lì queste cartelle e se sono vuote.
Nella web mail su Aruba ti ritrovi queste cartelle? Non dovresti trovarle, ma accertati con molta attenzione a non confondere eventualmente le due Posta in arrivo. Se ci sono, puoi tentare di eliminarle direttamente da lì.
In alternativa, prova a sottoscrivere (spuntare) nuovamente le cartelle di tuo interesse (clic con il pulsante destro del mouse sopra l'indirizzo mail) per questo account e riavvia Thunderbird.
In ultimo, se con la soluzione prima non le hai rimosse, clic con il pulsante destro del mouse su queste cartelle e selezioni Elimina. Prima di fare questa operazione è vivamente consigliato, per non dire obbligatorio, fare un backup del Profilo. Basta un semplice Copia-Incolla del Profilo completo in altra posizione con Thundrbird chiuso. Non so però in Win10 dove si trova il profilo