Account IMAP, quindi presumo che anche in webmail non ci sia nulla, confermi?
Tutte le cartelle della webmail sono sottoscritte per essere gestite da Thunderbird? (Domanda inutile, visto che la cartella Inbox il tuo TB la gestisce, ma non si sa mai).
È per caso un account Gmail o Tiscali?
Ultima cosa: ti richiedevo le caratteristiche della tua configurazione per capire se per caso hai programmi particolarmente paranoici (Norton, Kaspersky, McAfee) o estensioni particolarmente aggressive (quelle installate dai precedenti antivirus più quelle di Avast!).