cerchiamo di chiarire un paio di cose:
le cartelle mozmsg e tutti i file contenuti non servono a nulla se non a windows (da vista in poi) a fare una ricerca anche all'interno delle email, quindi se non ti serve cercare le email con la ricerca di windows puoi tranquillamente disabilitare l'opzione e eliminare tutti i file!
se in futuro cambi idea puoi sempre riabilitare l'opzione e far rifare a tb tutti i file.
per il backup delle email devi salvare soloi file senza estensione (tutti, anche quelli nelle cartelle .sbd).
io personalmente non starei troppo a cercare il perché della tua strana configurazione, anche perché da qui possiamo solo azzardare ipotesi e lo ritengo una perdita di tempo.
fai il backup della posta usando l'estensione ImportExportTools (ora non ricordo esattamente la voce ma nelle varie possibilità c'è il backup completo nel formato mbox) poi crea un nuovo profilo e prova a fare l'import
se hai tutto sei a posto
se manca qualcosa ne parliamo