Quella di portableApps, anche se l'ho usata poco, ha un file di nome firefox_portable.ini (o simile), al suo interno c'è questa riga di codice:
AllowMultipleInstances=false
basta mettere true per avviare più istanze, con TB credo sia la stessa cosa.
Questo vale per le portable Apps, se usi un'altra versione potrebbe essere diverso.
Tutto corretto, a me funziona perfettamente ed aprendo indifferentemente prima l'uno o l'altro TB, solamente aggiungo che non basta modificare il file "ThunderbirdPortable.ini" per poterlo utilizzare, lo devi prima copiare il file nella stessa directory dove si trova il file "ThunderbirdPortable.exe" e poi modificarlo, altrimenti non lo legge.