Mi rispondo da solo...
Ho seguito e integrato una procedura trovata su MEGALAB, sono riuscito a ripristinare tutto.
1) Chiudere Thunderbird e andare alla cartella "Mail" (la cartella bisogna trovarla, in Ubuntu è dentro alla cartella nascosta .thunderbird che si trova nella home)
1bis) Copiare tutta la cartella .thunderbird in un luogo sicuro (backup), la mia pesa 4,8Gb... ma da quanto è che non svuoto il cestino???
2)Rinominare la cartella Mail come "Mail_OLD" o altro a libera scelta
3) Stessa procedura per i file "abook.mab", "cert8.db", "history.mab", ad esempio "abook.mab.OLD"
4) Svuotare completamente la cartella .thunderbird dei file originali, lasciare cartella Mail_OLD e file rinominati.
4bis) Se si ritiene che Thunderbird sia gravemente compromesso reinstallarlo, altrimenti punto 5)
5) Avviare Thunderbird, comparirà la schermata per ricominciare da zero la configurazione dei vari account
6) Reinserire le impostazioni per i diversi account di posta elettronica che si possiedono... le medesime precedenti impostazioni (in questo modo Thunderbird passerà ad un nuovo file "prefs.js" i vari path per arrivare alle cartelle che, automaticamente, verranno ricreate sotto un nuovo file "Mail" creato automaticamente)
7) finita l'opera di configurazione ex novo, entrando dentro "Mail", si troverà una struttura corrispondente a tutti gli account creati
8) Uscire da Thunderbird, a questo punto il file "prefs.js" dovrebbe essere in grado di puntare correttamente alle varie cartelle contenute dentro "Mail"
9) Cancellare l'attuale "Mail" e trasferire la vecchia "Mail_OLD" al suoi posto (se non è gia li)
10) Rinominare "Mail_OLD" in "Mail"
10bis) Sostituire i file nuovi "abook.mab", "cert8.db", "history.mab" con quelli rinominati, ricordarsi di rinominarli senza OLD
11) Aprire Thunderbird
12) Cliccare sopra le varie cartelle dei diversi account per far "ricostruire l'indice" a Thunderbird dovrebbero comparire tutti i messaggi
Se, dopo aver cliccato nelle varie cartelle dei diversi account, le mail non dovessero ricomparire, ultima chance:
12.1) apri Thunderbird;
12.2) Strumenti -> Impostazioni account;
12.3) vai nella scheda "Impostazioni server" del primo account e controlla il path in corrispondenza di "Cartella locale", eventualmente clicca sul pulsante "Sfoglia" e vai alla ricerca della cartella di posta corretta;
12.4) ripeti il precedente punto per tutti i tuoi account;
12.5) vai in "Cartelle locali" e, anche qui, controlla il path corrispondente alla voce "Cartella locale", se necessario, premi "Sfoglia" e cerca la cartella giusta.