A forza di cercare ho capito dove sta il problema, deriverebbe da un bug di Thunderbird 24:
questo bug si presenta quando l'account di default non è un imap o un pop3, e provoca proprio il mancato controllo delle email/feed all'avvio.
In pratica tutto è nato dal fatto che, una volta aggiornato a Thunderbird 24, i vari Feed RSS (che nel menu a sinistra erano solitamente i primi della lista) sono finiti ultimi. Per riportarli in alto come erano prima, ho trovato l'estensione "Manually sort folders" e li ho spostati semplicemente. Ed è lì è comparso il problema: avendo spostato i Feed in alto, mi sono ora accorto che essi diventano l'account predefinito e quindi il bug si manifesta! Rimettendoli a fondo lista funziona tutto!
Ora però il problema è che io vorrei averli in alto... Perchè è così che vedo comodamente le nuove aggiunte, altrimenti dovrei sempre andare su e giu, ed è scomodo. Non capisco bene perchè Thunderbird 24 li abbia spostati in basso visto che con le altre versioni non ho mai avuto questo problema... Vi è la possibilità di mettere i Feed RSS in cima della lista senza creare problemi?
Grazie!