Premesso che sia IE7 sia OE sono programmi ormai
obsoleti (non più sviluppati né supportati), direi che in generale non bisogna mai confrontare programmi di generazione diversa (visto che inevitabilmente il confronto non sarebbe
omogeneo).
Sarebbe infatti come confrontare la
reattività di Word 97 con quella di Word 2010!!
Venendo al tuo problema attuale, la "duplicazione dei messaggi" di solito è in qualche modo
originata direttamente dal server di posta (e molto raramente dal singolo client di posta).
Se invece sei sicuro che nel tuo caso dipende proprio da Thunderbird e se succede di nuovo, prova a ricontrollare le impostazioni dei vari account e magari prova anche in
safe-mode (per escludere problemi con qualche estensione).
Magari prima cancella tutti gli indici e compatta la posta (è una "manutenzione periodica" che spesso previene possibili problemini…).
Se il problema continuerà a manifestarsi (e se sei certo che il problema non dipende dal server POP3), converrà creare un profilo nuovo.
È comunque possibile che sia stato solo un fatto occasionale (magari dipendente da un problema momentaneo del server).
Magari controlla anche che i messaggi non siano già duplicati nella webmail…