Se il profilo non si è corrotto, ti basta reinstallare Thunderbird 3.1.11 (magari dopo aver disinstallato TB 5).
Naturalmente dovrai reinstallare anche la giusta versione di Lightning.
Prima di procedere, salva una copia del profilo (cosa che comunque conviene sempre fare quando si cambia versione del programma).
P.S.
Se avevi fatto una copia del profilo di TB 3 prima di aggiornare a TB 5, potresti anche ripristinare quella… ovviamente aggiornandola con tutti gli eventuali "elementi" nuovi (mail, contatti, attività, ecc.).