ho provato (utilizzando tb5 su win7 e fedora), e la procedura non mi ha dato problemi: spostando la mail dalla inbox in una cartella per l'applicazione della relativa etichetta, su webmail la mail non compare nella posta in arrivo e ridiventa visibile se seleziono l'etichetta.
nel tuo caso, dopo aver spostato la mail in TB, se sincronizzi nuovamente l'account (nel senso di scaricare nuova posta), la mail si ripresenta nella posta in arrivo ?
croma.to