Grazie per il prezioso suggerimento,
la soluzione al problema sarebbe proprio nell'add-on QuoteAndComposeManager --- al punto 3) delle funzioni menziona la possibilità di elimare completamente i bordi nei messaggi in formato HTML e di eliminare il carattere ">" nei messaggi in puro testo ---, ma la versione attualmente disponibile (la 0.3.14) non è compatibile con Thunderbird 3.1.
Non mi resta che attendere che l'add-on venga aggiornato.
La mia opinione è comunque che avere intestazioni uguali e con tutte le informazioni che i client di posta più diffusi garantiscono "by design", dovrebbe essere anche per Thunderbird "by design" e "by default".
Andrea