2) Creare una cartella su una partizione NTFS comune ad entrambi i sistemi operativi, che per semplicità chiamerò Posta_Elettronica_Thunderbird
Ti consiglio di utilizzare una partizione in FAT32: è vero che ormai Ubuntu supporta NTFS, ma è già successo che passando da XP a Vista la partizione NTFS non fosse più leggibile da Ubuntu. Trattandosi di dati importanti, meglio non rischiare
3) Modificare la configurazione in modo che tutte le nuove email vengano salvate su Posta_Elettronica_Thunderbird
Una volta fatte le 2 installazioni di TB avvia il gestore profili e quando ti viene chiesto se usare il profilo di default o specificare un percorso già esistente, scegli questa opzione
6) Mi conviene tramite IMAP o POP3?
Se possibile IMAP, ma ad esempio Yahoo non lo supporta, quindi sei obbligato ad usare POP3 per quello, non so libero e alice sotto quali condizioni permettono l'utilizzo di un client. Comunque cercando nel forum dovresti trovare tutte le risposte.
Se non ricordo male (cosa possibilissima!) qualche anno fa avevo fatto un post dove dettagliavo passo-passo la condivisione fra Win e Ubuntu...