Per quanto riguarda Firefox controllerei in Strumenti -> Opzioni -> Sicurezza se fra le eccezioni di "Avvisa se un sito cerca di installare un componente aggiuntivo" non sia permesso qualche sito sospetto, poi guarderei anche se ci sono siti sospetti fra i "siti web che hanno salvato dati per l'utilizzo non in linea" in Strumenti -> Opzioni -> Avanzate -> Rete.
Per il resto si esce dal campo Firefox, per stare sicuro che il pc sia pulito dovresti rivolgerti a qualche forum che tratta questi problemi, uno di questi forum per esempio:
> Wininizio
> WinTricks
> Hwupgrade
> Megalab.it
> Html.it