Ti sconsiglio ogni programma che tenda a fare tutto da solo.
Fanno più danni che bene.
Passa un pomeriggio o due a categorizzare il tutto. Dividendo tutto per bene in categorie, i doppioni salteranno fuori, fidati!
Ho spaccato il mega di bookmarks (dopo una recente pulizia di primavera... Prima erano troppi di più) e controllando per i duplicati, ne saltano in media fuori solo una ventina, che posso poi trinciare manualmente dopo un paio di minuti di ricerche...