Ciao
Rileggendo bene non ho capito se root.html risieda fisicamente in root oppure se ha solo i permessi di root e sta nella home utente.
Se è il secondo caso avevo interpretato male, ho fatto qualche prova e a me cat e apertura funzionano con Firefox "standard".
La versione Flatpak lavora come una sandbox isolata ed ha percorsi tutti suoi.
Se appendo la pagina al percorso completo della Versione Flatpak ricavato da Alacarte, posso aprire la pagina (asa.html) correttamente:
$ /usr/bin/flatpak run --branch=stable --arch=x86_64 --command=firefox --file-forwarding org.mozilla.firefox @@u %u /home/mioutente/asa.html
Se trascino il file nella schermata di FirefoxFlatpak ho quell'errore ma accade per forza lo stesso con qualsiasi file.
Se faccio File>Apri da FirefoxFlatpak, il file viene aperto correttamente ma dal percorso file:///run/user/1000/doc/b2d283fe/asa.html
Dando il comando
firefox nomefile con solo la versione Flatpak installata sul sistema non so cosa accadrebbe e se il proprietario del file ne impedisca o meno l'apertura.
Io ho due versioni installate, in /usr/bin ho il link simbolico a Firefox "standard" e il comando
firefox mi apre quindi quello standard e non il Flatpak.
Ma non so se tutte queste cose possano essere utili o abbiano un senso

Per il discorso che non riesci ad installare il pacchettizzato non saprei, in quella cartella scompattata c'è il file firefox da avviare appunto se dai quei comandi uno alla volta.