Salve a tutti, rispondo, a distanza di anni, perché anch'io ho installato Thunderbird per la prima volta e ho notato che, anche se configurato in IMAP, ha scaricato tutti i messaggi nel PC. Cercando su google è saltata fuori questa discussione e scrivo per informare i futuri utenti:
Thunderbird ha, per impostazione predefinita, il download di una copia di tutti i messaggi delle casella di posta nel PC. 
In Impostazioni -> impostazioni account -> Sincronizzazione e archiviazione, trovate la voce "Conserva in questo computer i messaggi di qualunque cartella di questo account". 
Se non volete che li scarichi, basta rimuovere la spunta. 
Ciao