Una possibilità potrebbe essere la creazione di un link simbolico.
In C:\Program Files\Mozilla Firefox\ al posto del file di configurazione metti un link ad esso.
Preferisco evitare di pasticciare con il filesystem, se posso utilizzare le funzioni di una applicazione.
Ho fatto un test con la versione portabile, sostituendo tutte le righe di configurazione contenute nel file in
C:\Program Files\Mozilla Firefox\
con questa
pref("autoadmin.global_config_url","file:///<unità>://<percorso>//Firefox.cfg");
e copiando in
<unità>://<percorso>//Firefox.cfg
tutte le righe eliminate dal precedente.
Sembra funzionare.