Grazie per la gentilissima risposta!
Nel mio caso avevo più account POP3 con contenuti non sincronizzati.
La procedura che ho seguito io è stata la seguente:
Ho creato l'account IMAP su Seamonkey/Thunderbird,
Ho riversato su questo il contenuto di tutti degli account POP3.
Ho installato su una delle postazioni l'estensione "Removedupes" (nel mio caso per Seamonkey)
http://removedupes.mozdev.org/ ed eseguito i controlli e la rimozione sulle varie cartelle IMAP, nelle preferenze prestando attenzione ad abilitare l'azione anche per le "cartelle speciali".
Io poi ho incontrato qualche problema (non mi va mai liscio tutto al primo colpo, deve essere una cosa genetica..) con la cartella INBOX che ho risolto grazie a Mutt e alla sua naturale abilità di rilevare e rimuovere le email duplicate (ho eseguito solo la parte relativa a Mutt):
https://xaizek.github.io/2013-03-30/merge-mbox-mailboxes/Ciao e buon proseguimento di anno nuovo a tutti!!