Luigi: è abbastanza sconsigliato copiare i file e pretendere poi che questi funzionino correttamente, perché agli occhi dei due diversi browser sono la stessa cosa, anziché due profili separati. Prova, creando un nuovo profilo e non installandogli nulla a bordo, se collegandoti al tuo account Firefox Sync riesci a scaricare tutti i tuoi dati in maniera corretta.
Se cerchi nel forum, si è parlato di Sync poco tempo fa, sempre per problemi relativi a interi profili copiati e incollati così, in maniera "bruta", risolti proprio facendo le cose come si deve (profili ben separati, con Sync attivo, componenti aggiuntivi installati, ecc.).