AdwCleaner considera sempre sospetto quel file. A volte lo è altre no.
Dipende dal suo contenuto, lo scopo di questo file è quello di raccogliere particolari impostazioni fatte dall'utente (come dice il nome user.js).
L'utente questo file lo deve creare manualmente e manualmente inserirci le proprie istruzioni, in questo caso la presenza del file è legittima. Può anche venire creato da altri programmi o da estensioni per mettere al sicuro proprie impostazioni, che possono essere buone o cattive.
Mettere al sicuro in quanto:
Se è presente anche il file opzionale user.js, le impostazioni contenute in quest'ultimo avranno la precedenza su quelle scritte nel prefs.js.
Se questo file non lo hai creato te e hai fretta cancellalo, le estensioni e i programmi seri non usano questi mezzi. Se sei curioso aprilo e dal suo contenuto potrai capire cosa fa e forse chi lo ha creato.