Il file places.sqlite pare purtroppo corrotto (ma tu utilizzi Ccleaner o un programma simile per pulire il Registro o ottimizzare le varie applicazioni?).
Comunque puoi recuperare i segnalibri dai due file che hai, il .json e l'.html, se hai letto i link che ti ho fornito (li hai letti, vero?).
Puoi procedere tranquillamente, se dovessi avere problemi scrivi pure.