Non ne sono del tutto sicuro, ma credo che dopo aver installato la v180 bisogna usare almeno una volta lo script shallow_flash.sh per installare gaia e gecko, dopo si può usare tranquillamente lo script di flod.
Ho notato che le applicazioni di sistema nella v180 sono installate in /data/local/webapps e non in /system/b2g/webapps, dovrebbe essere questo il problema e usando lo shallow_flash si risolve.