Non è che condividono lo stesso profilo,o per sbaglio hai lanciato una versione mentre l'altra era già in esecuzione senza aggiungere l'argomento -no-remote ?
Quel difetto che vedi è di solito una corruzione di localstore.rdf,e spesso è l'effetto di aver condiviso il profilo o comunque aver lanciato più versioni contemporaneamente senza le dovute precauzioni.
Il file localstore.rdf lo puoi anche cancellare (a Firefox chiuso) perchè verrà automaticamente ricreato al riavvio,questo ti farà perdere tutte le personalizzazioni dell'interfaccia,quindi meglio fare prima uno screenshot.