Guarda, è una questione di abitudine e praticità. La licenza con cui sono rilasciate le estensioni spesso consentono di inserirli in distribuzioni come LMDE o la stessa Debian. Dipende da come ti trovi meglio: se utilizzi anche Thunderbird e Lightning presi dai repository potresti trovare più comodo installare anche il pacchetto dell'estensione, che si suppone sarà sempre funzionante con i quei pacchetti.
Io ad esempio da poco sono tornato ad utilizzare IceDove (= il nome che ha Thunderbird in Debian) e ho scelto di installare un'estensione molto pesante come pacchetto in modo da non pesare sul profilo quando faccio il backup.
Alla fine non cambia nulla, se non che è più probabile che le estensioni vengano aggiornate prima dei corrispettivi pacchetti nella distribuzione - ovviamente per motivi di tempo e di test.
Spero di aver risposto alla tua domanda