Allora, ti do qualche prova da fare e ti chiedo qualche altra informazione. Prima di tutto: il backup che ripristini quali file contiene? Poi:
Prova a creare un profilo nuovo in thunderbird (leggi la sezione faq per come fare) e installa lightning, poi nel profilo nuovo riprisina il backup di lightning. Fai qualche prova per vedere se i calendari si cancellano ancora.
Se si cancellano, cancella il profilo appena creato e creane uno nuovo ancora (sempre per partire da una situazione pulita) e installa lightning, poi dal tuo backup rimetti al suo posto solo il file local.sqlite che sta dentro la cartella calendar-data e prova a vedere se i calendari si cancellano ancora.
A seconda dei risultati che mi dici, vediamo cosa fare per stabilizzare la situazione.