L'aggiornamento di Firefox installato manualmente avviene... per conto suo.
Potrai scegliere se far effettuare a Firefox stesso gli aggiornamenti in modo silente oppure essere tu stesso che periodicamente controllerai se sono disponibili aggiornamenti.
In altri termini gli aggiornamenti di Firefox non passeranno per apt-get update, apt-get upgrade (o quel che sia) ma ciò non ti farà perdere tempo, anzi avrai tutte le opzioni di aggiornamento di Firefox nelle tue mani e non nelle mani del sistema operativo.
In altri altri termini se oggi scompatti ed installi l'archivio di firefox 5 e crei la relativa icona, quando sarà disponibile Firefox 6 non dovrai ripetere l'operazione ma ti ritroverai Firefox 6 senza aver fatto nulla (fermo restando la possibilità di impostare opzioni differenti come detto sopra).