Quando parlavo di rimuovere plug-in inutili, intendevo inutili per le tue necessità, non è indispensabile rimuoverli assolutamente se li usi.
Comunque come detto il problema dei molti plugin-container aperti è dovuto alla rimozione cookies, l'hai impostata in automatico o la far regolarmente o hai un qualche software che la forza?
Relativamente a quicktime, credo che sia composto da più plug-in, ognuno gestisce un certo numero di formati (guarda in about:plugins i formati gestiti da ogni plug-in)