No, la RC non cancella la cartella.
Nel mio caso, dato che le beta che usavo erano in versione zip, scompattavo in desktop\firefox\ e da lì le facevo partire.
Una volta disinstallato Fx 3.6.15 e installato (tramite installer) Fx 4 RC1 in C:\Programmi\Mozilla Firefox\, all'avvio del browser ovviamente la cartella C:\Programmi\Mozilla Firefox\extensions\ non esisteva e quindi l'estensione Test Pilot non risultava installata.
Cercando invece in desktop\firefox\extensions\ trovo l'estensione Test Pilot.
Dato però che ormai il mio browser predefinito è Fx 4.0 RC1, per i motivi che ho spiegato appena sopra, al suo avvio l'estensione Test Pilot non risulta presente.
Spero di non aver fatto troppo confusione nello spiegarmi...
Ciao