Non riesco a centrare esattamente il problema :/
Se ho capito bene, il tuo cruccio è ritrovare nei segnalibri già catalogati una cartella pertinente a un nuovo segnalibro che stai creando/hai appena creato giusto?
Allora, o stai creando troppe categorie/sottocategorie, o veramente maneggi troppa roba :3
Io i miei li maneggio così. Per le cose su cui non sono sicuro, metto solo "la stellina" in alto a destra, nella barra degli indirizzi, facendoli finire nei non catalogati. Se sono importanti, premo Ctrl+D, e mi spremo ad aggiungere un paio di parole chiave.
Una volta ogni tot, apro gestione segnalibri, ordino per etichette i non catalogati, e inizio a suddividere.
Diciamo che ho una decina di "categorie base", e all'interno al massimo un'altra decina di sottocategorie, ma non creo mai più di due livelli di cartelle: oltre, si finisce nell'inconveniente di non ricordarsi il cosa è dove :/
Anche per le etichette: non ne servono più di una decina. Se vuoi "barare" sulle etichette, semplicemente scrivi a mano qualcosa che ti porti alla mente quel dato segnalibro *in coda al suo titolo*. Questo mantiene la ricerca bella scattante
Non sempre si trova un estensione ad hoc, e questi "workaround" tornano utili (anche solo a salvare i segnalibri e portarseli su una pennetta in caso di emergenza, a prescindere dal browser usato per aprirli, rimangono comunque i titoli completi, e se ci metti un po' di inventiva quando salvi un segnalibro, anche tutte le informazioni extra per consultarli.)