Come hai impostato la cartella di download nelle opzioni? Ti succede solo con quel tipo di file o con tutti i file? Usi delle estensioni per il download dei file?
Quali estensioni hai installato? Firewall e antivirus?
Alcune prove da fare: partire in Safe Mode disattivando temporaneamente le estensioni, disattivare temporaneamente firewall o antivirus.
Però se ti accade la stessa cosa anche con altri browser, mia pare che il problema sia riconducibile al sistema operativo...