C'è differenza fra il file HTML e quello json: col file html alcune proprietà dei segnalibri vengono perse, con il file json, no.
Non vedo l'utilità di modificare a mano un file di backup, comunque se proprio lo vuoi fare la cosa migliore è usare un editor di testo, se sai usare qualche linguaggio di programmazione potresti usare anche quello, ad esempio con Python puoi usare il modulo simplejson; però se non sei programmatore un editor di testo va benissimo.
La sintassi del file json non è difficile, se usi editor di testo con evidenziazione della sintassi la cosa è ancora più semplice.
Un file json è un oggetto javascript se vuoi le specifiche puoi leggere su Wikipedia o cercare con google e troverai molta documentazione, facendola breve (molto breve):
{ chiave : valore ]
di solito si modifica il valore perchè la chiave dipende dalle specifiche del file json come file di backup dei segnalibri di Firefox.
Ciao