Sinceramente, non utilizzando quell'estensione (ne utilizzo pochissime per scelta) posso solo azzardare delle ipotesi o dei suggerimenti.
Potrebbe darsi che l'estensione interferisca con qualche altra estensione installata. È un procedimento un po' così...ma potresti provare a disattivare le altre estensioni e verificare se lasciando attiva solo Favicon Picker il problema persiste.
Potrebbe essersi danneggiata l'estensione. Magari potresti provare a disinstallarla e installarla ex novo.
...o forse, come dicevo, si è modificata qualche impostazione/opzione dell'estensione ma non saprei cosa suggerirti in merito o cosa controllare.