Il ripristino di sistema è una delle cose peggiori che tu possa fare al tuo sistema, credimi. Non funziona quasi mai, e quando funziona lascia dei buchi come voragini nel registro che ti creeranno solo più guai.
come detto i segnalibri sono nel file places.sqlite, oppure nella cartella bookmarkbackups, sempre nel tuo vecchio profilo, puoi trovare dei backup in formato JSON che puoi ripristinare aprendo Segnalibri / Organizza i segnalibri. Non c'è modo di perdere questi file a meno di cancellarli manualmente.