Non ho capito bene ciò che hai fatto... avevi installato la 2.0.1 senza disinstallare la 1.1.18?
Anche io, per fare delle prove e tenere entrambi i browser, ho fatto la stessa cosa, ma i profili stanno in directory differenti. Il vecchio sta in:
C:\Documents and Settings\Admin\Dati applicazioni\Mozilla\Profiles\Defalut\xxxx
(dove le x stano per una stringa alfanumerica)
il nuovo invece sta in:
C:\Documents and Settings\Admin\Dati applicazioni\Mozilla\SeaMonkey\Profiles\xxxx.default
Per quanto riguarda l'icona relativa ai file .htm, ho come l'impressione che SM non sia stato impostato come browser predefinito.
Prova ad andare in Pannello di Controllo > Installazioni e Applicazioni > Impostazioni Accesso ai Programmi > Personalizzata e a definirlo da lì.
Spero di esserti stata d'aiuto...