Non mi è mai successa una cosa come la tua.
Il problema che hai non potrebbe essere a livello di sistema operativo?
Io un'idea ce l'avrei, ma sarei un po' approssimativo ed off topic (qui diamo consigli sul software di Mozilla e non su altri tipi di software).
Tieni comunque presente che Firefox ha un impatto davvero minimo con il Registro di Windows... ma forse è meglio che ti ci dica per quale motivo vuoi disinstallarlo, in modo da capire il problema meglio.