anche a me se non sbaglio tempo fa mi aveva dato questo problema dopo un aggiornamento ..
Se non sbaglio avevo cancellato tutti i segnalibri , e poi me li sono reinseriti a mano .. o meglio mi sono esportato il file in html , l' ho aperto con firefox , e per ogni link facevo rightclick + a per riaggiungerli.
Ora non vorrei dire una castroneria , ma nelle vecchie versioni di firefox , forse nella 2 , non esistevano , barra dei segnalibri , menu dei segnalibri , segnalibri non catalogati , quindi forse al passaggio si è incasinato il tutto.
Penso quindi che il problema sia nella formattazione del file dei segnalibri .. quindi ti consiglierei di provare cosi ..
Segnalibri - organizza i segnalibri , esporta segnalibri in html , poi cancelli il file dei segnalibri places.sqlite (fai una copia e tienila ) .. riavvi firefox in modo che ne ricrei uno nuovo e poi provi tramite organizza preferiti a importarli tramite importa html..