Finalmente ho risolto come volevo io facendo in questo modo:
1) Ho utilizzato l'estensione febe, (l'ultima versione compatibile con la 2 di firefox) creando un backup completo del profilo ed ho esportato i segnalibri in un file HTML, tramite la procedura di esportazione di firefox;
2) Ho rimosso completamente firefox 2 dal pc avendo cura di eliminare tutte le chiavi di registro legate al programma, utilizzando Revo Uninstaller;
3) Ho installato firefox 3.0.5;
4) Usando Nightly Tester Tools ho forzato l'installazione di febe che era compatibile con la versione 2 di firefox (in quanto il backup creato precedentemente nn era compatibile con quello che utilizza la versione nuova di febe) ed ho ripristinato il profilo;
5) A questo punto tutto era ok tranne i segnalibtri che erano nuovamente incasinati, allora li ho cancellati tutti ed li ho importati dal file HTML che avevo creato e tutto è tornato come volevo io
Se qualcuno ha avuto il mio problema magari troverà una soluzione, ciaooo.