E qui casca l'asino!
Installate l'estensione Scrapbook.
Aprite il vostro file bookmarks.html all'interno di firefox, come se fosse una normale pagina web.
CAtturatelo con scrapbook.
Riapritelo dallo scrapbook. Con gli strumenti di scrapbook, selezionate tutto quello che volete *eliminare* e canellatelo, lasciando solo il ramo che volete esportare, preceduto dal suo titolo in grassetto.
Salvate la versione modificata dentro a scrapbook.
Esportatela in un file .html
REimportate il file html.
Il file html generato da scrapbook risulterà sempre leggibile, basta lasciare inalterato il titolo "Bookmarks" e le linee vuote seguenti.