Credo che il problema sia da far risalire ad altre cause. Firefox non interferisce in alcun modo con i programmi FTP.
Eventualmente, prova a guardare l'eventuale regola sul firewall. Ti ricordo che per funzionare correttamente, devono essere abilitate le porte tcp/20 e tcp/21
Per problemi di questo tipo, dovresti però rivolgerti a forum di informatica generale come hwupgrade, wintricks, gxware, megalab, ecc. ecc.
Ciao