Usa un buon editor di testo tipo PSpad, apri il mega catalogo html, scegli "Trova e sostituisci", e gli dici di sostituire tutte le istanze di "file://" con file://///".
Se il file html non è eccessivamente grande, basta il blocco note di win.
Detto questo, visto che sembra essere un problema strettamente legato all'output generato dal software di catalogazione, direi che qui si può chiudere (se questa soluzione funziona)