Non hai detto però com'è andata in 
Safe Mode né se il problema ci sia sempre stato oppure è recente... 

Ad ogni modo, facendo l'esempio di un classico documento 
Word (quindi di un file .
doc), in 
Strumenti -> Opzioni -> Contenuti -> Gestione dei 
Tipi di file del mio 
Firefox l'estensione 
.doc non è presente tra quelle che il browser deve associare automaticamente ad un dato programma: eppure, se - per esempio - facendo una ricerca su 
Google, clicco sul link di un url collegato ad un file 
.doc, quest'ultimo mi si è comunque sempre aperto automaticamente... 

Magari dico una sciocchezza, ma forse il tuo problema non è legato a 
FF: hai provato a dare un'occhiata in 
Risorse del computer -> Strumenti -> Opzioni cartella -> Tipi di file?
Come stanno messe lì le tue associazioni?
Ripeto, molto probabilmente le due cose non sono collegate, però controlla... 
