Se hai deciso di creare il profilo c:\documents and settings\utente, tutte le cartelle e i file del profilo vengono creati all'interno di questa cartella (NON di una sottocartella).
La finestra che appare quando cancelli i file del profilo non lascia spazio a dubbi
Nel tuo caso viene eliminata la cartella (non alcuni file, la cartella!) c:\documents and settings\utente
Ecco spiegato perché è sparito anche il secondo profilo (hai cancellato %AppData%) e tutto il resto.