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E un backup recente del profilo on ce l'hai per recuperare una copia recente dei bookmark, integrarla con quelli di IE più recenti, e poi far lavorare Bookmark DD?
Guarda, probabilmente BookmarkDD non riesce a lavorare bene per qualche conflitto con un'altra estensione...
Allora, procedendo con ordine: crea un nuovo profilo (cerca nelle FAQ del forum)
Importaci dentro solo i segnalibri pasticciati che hai adesso, e installa *solo* BookmarkDD come estensione.
Prova ad eseguirlo.
In questa maniera dovrebbe funzionare, e non ti resterebbe altro che reimportare nel tuo profilo corrente i segnalibri corretti.