Ho trovato il motivo!
Non so se si tratti di un bug, poiché il motivo è alquanto banale.
Nella Firefox versione 1.5 teneva conto anche degli spazi, per esempio potevo creare il motore di ricerca Mozilla Italia, con questi 2 file:
Mozilla Italia.src
Mozilla Italia.gif
Convertendo in automatico i motori di ricerca con la versione 2 di Firefox, si ottiene un unico file Mozilla%20Italia.xml che ingloberà il file Mozilla Italia.src, ma non del file Mozilla Italia.gif e rimarrà nella cartella.