1) Quello che c'è scritto nell'articolo di MozillaZine e che io non ho mai provato per la verità:
Note: You can password protect the contents of the message pane by setting mail.password_protect_local_cache to true using the configuration editor in conjunction with setting a master password in Thunderbird.
sembra che impostando quella preferenza a true e avendo precedentemente impostato una master password TB chieda la password per accedere a quello che c'è in cache, quindi non dovrebbe apparire proprio nulla.
2) se hai l'accesso via Imap a quell'account, lo dovresti ricreare e impostare via Imap.
Se vuoi una soluzione contorta:
1) cripti il file (con gnupg se vuoi o altro)
2) lo togli da dove si trova e lo metti in un posto sicuro cancellando l'smf relativo
in questo modo quando apri TB quella cartella non viene vista perché il file non c'è.
Fai un launcher.bat che fa questo:
1) decripta il file
2) lo sposta nelle local folders di TB
3) Apre TB
4) alla chiusura di TB (nota che resta aperta la schermata nera), lo cripta di nuovo e lo rimette dov'era
Però la soluzione di MZ, se puoi metterla in pratica, è molto più semplice.