Probabilmente quello che vedi è il corretto comportamento del layout del tuo sito con il doctype specificato.
Il fatto che la pagina venga validata non significa che la grafica sia poi quella che vuoi ottenere.
Dai uno sguardo alle specifiche html 4.01 sul sito w3c, e sicuramente troverai il problema.
Altrimenti prova a postare il link del sito.