Una osservazione forse banale: ho notato che la pagina è costruita con una serie, piuttosto complessa per la verità, di tabelle annidate. Non è escluso che le note differenze nel rendering dei blocchi tra IE e FF causino il problema che hai descritto.
Ho fatto un paio di prove copiando il codice in locale: settando la dimensione appropriata su una delle decine di tabelle ho ottenuto con FF il risultato desiderato, mentre con IE è un autentico schifo.
Il mio consiglio in definitiva è quello di semplificare in maniera drastica la pagina nella sua struttura, facendo magari uso di strumenti di controllo più flessibili e governabili di posizionamento.
Visto che hai già dimestichezza con i CSS sicuramente dovresti riuscire a trovare una soluzione più semplice.
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"KISS principle"