Per quanto riguarda il primo sito, il problema non è nel codice con cui è inserito il flash movie ma nel codice circostante.
Per verificarlo fai questa prova, salva la pagina web completa in locale con Firefox, poi modifica il codice della pagina togliendo il paragrafo che include il filmato: vedrai che l'orologio verrà visualizzato tranquillamente al 100%
In pratica da così<td><p align="center">
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,0,0" id="7desetembro" align="" height="96%" width="89%">
<param name="movie" value="7desetembro.swf"> <param name="menu" value="false"> <param name="quality" value="high"> <param name="wmode" value="transparent"> <param name="bgcolor" value="#333333">
<embed src="fc7desetembro_files/7desetembro.swf" menu="false" quality="high" wmode="transparent" bgcolor="#333333" name="7desetembro" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" align="" height="100%" width="100%"></object>
</p></td>
a così <td>
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,0,0" id="7desetembro" align="" height="96%" width="89%">
<param name="movie" value="7desetembro.swf"> <param name="menu" value="false"> <param name="quality" value="high"> <param name="wmode" value="transparent"> <param name="bgcolor" value="#333333">
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</td>