Buonasera.
A occhio, direi che la relativa cartella nella webmail è vuota o è stata svuotata.
Ricaricare "di botto" la Cartella con tutte le mail temo che sia una operazione "pesantuccia". Personalmente proverei con una strada diversa, creando prima una cartella vuota con un nome diverso nel nuovo profilo e solo dopo copiare la cartella di backup e poi copiare blocchi di mail, disattivando preventivamente la sincronizzazione della cartella originale nel Profilo.